温州市气象局的机构规格为正处级，其机构设置如下：(1)内设机构：办公室（计划财务处）、观测与预报处(科技发展处)、减灾与法规处（行政审批处、市雷电防御管理办公室）、人事处（与党组纪检组合署办公）等4个处室(2)直属事业机构：温州市气象台(温州市海洋气象台)、温州市气象服务中心（浙江农网温州分中心）、温州防雷中心(温州市防雷设施检测所)、温州市气象网络与装备保障中心、温州市气象局财务核算中心等5个直属事业单位。(3)县（市）气象局（站）温州市气象局下设9个县（市）气象局（站）：温州国家气象观测站、温州气象雷达站、乐清市气象局、永嘉县气象局、洞头县气象局、瑞安市气象局、平阳县气象局、文成县气象局、泰顺县气象局，其机构规格均为正科级。
温州市气象局的机构职能(1) 制定地方气象事业发展规划、计划，并负责本行政区域内气象事业发展规划、计划及气象业务建设的组织实施；负责本行政区域内重要气象设施建设项目的审核；对本行政区域内的气象活动进行指导、监督和行业管理。(2)按照职责权限审查气象台站调整计划；组织管理本行政区域内气象探测资料的汇总、分发；依法保护气象探测环境；管理本行政区域内气象标准化工作和涉外气象活动。(3)在本行政区域内组织对重大灾害性天气跨地区、跨部门的联合监测、预报工作，及时提出气象灾害防御措施，并对重大气象灾害做出评估，为本级人民政府组织防御气象灾害提供决策依据；管理本行政区域内公共气象服务工作；管理本行政区域内公众气象预报、灾害性天气警报以及农业气象预报、城市环境气象预报、火险气象等级预报等专业气象预报的发布。(4)组织制订和实施本行政区域气象灾害防御规划；组织本行政区域内气象灾害防御应急管理工作；负责本行政区域内突发公共事件气象保障工作。(5)制定人工影响天气作业方案，并在本级人民政府和浙江省气象局的领导和协调下，管理、指导和组织实施人工影响天气作业；组织管理雷电灾害防御工作，会同有关部门指导对可能遭受袭击的建筑物、构筑物和其它设施安装的雷电灾害防护装置的检测工作。(6)负责向本级人民政府和同级有关部门提出利用、保护气候资源和推广应用气候资源区划等成果的建议；组织对气候资源开发利用项目进行气候可行性论证；参与市政府应对气候变化工作，组织开展气候变化影响评估、技术开发和决策咨询服务。(7)组织开展气象法制宣传教育，负责监督有关气象法规的实施，对违反《中华人民共和国气象法》有关规定的行为依法进行处罚，承担有关行政复议和行政诉讼。(8)统一领导和管理本行政区域内气象部门的计划财务、机构编制、人事劳动、科研和培训以及业务建设等工作；会同县（市、区）人民政府对所辖气象机构实施以部门为主的双重管理；会同地方党委和人民政府做好当地气象部门的精神文明建设和思想政治工作。(9) 承担浙江省气象局和温州市人民政府交办的其它事项。